微生物发酵饲料的制备方法包括以下几个步骤：

选择合适的基质：选择适合微生物发酵的基质，通常选择玉米、大豆、麦麸、鱼粉等作为原料。

调整原料配比：根据饲料中所需的各种营养成分，合理调整原料的配比，保证微生物发酵后的饲料能够满足动物的营养需求。

适量添加微生物菌种：根据需要，在原料中适量添加发酵所需的微生物菌种，如乳酸菌、酵母菌等。

控制发酵条件：控制发酵的温度、湿度、通风等条件，创造适宜微生物生长和繁殖的环境。

发酵时间控制和监测：根据饲料的种类和需求，控制发酵的时间，并且定期监测发酵过程中的PH值、湿度、氧气等参数。

饲料干燥处理：发酵结束后，对饲料进行干燥处理，以保证饲料的质量和保存期限。

包装储存：最后将干燥后的饲料进行包装储存，以备使用。