发酵豆粕法主要还是应用于畜牧业上，利用微生物的降解作用对蛋白原料进行改性，将低质的蛋白原料转化成为高质的蛋白原料。对于发酵豆粕产品中的豆粕而言，豆粕中的蛋白质被降解为小肽和氨基酸类易被动物吸收利用的物质；且豆粕中的植酸、寡糖、大豆球蛋白等抗营养因子被完全消除或是部分消除，也提高了其饲用的价值。

    鱼虾水产类动物对原料蛋白品质和水平要求高，常规配方中都**含有鱼粉，在常规配方中蛋白含量为30%～50%。但进口鱼粉价格高昂，因此水产饲料业中一直在寻求鱼粉的替代品。研究表明，发酵豆粕可以在不影响水产动物生长性能的前提下代替饲料中的一部分鱼粉，且发酵豆粕应用于水产动物饲料中能抑制水产动物消化道疾病的发生，提高饲料中氮 的利用率，从而可大幅度减少疫苗、抗生素等药物的使用量，减少饲料 对养殖水体的污染，具有**的经济和社会效益。

    肉用仔鸡从雏鸡到出栏上市只需6～7周，而且肠道短小，所以比起其它畜禽，对营养物质的要求更高。豆粕经发酵后的蛋白品质提高，而且增加了肽、酸、酶等许多活性营养因子，对于促进肉仔鸡消化具有重要作用。

    幼畜，特别是早期断奶仔猪，肠道消化系统尚未发育完全，对于豆粕等植物性蛋白原料中的抗营养因子较敏感，特别是里面含有的胀气因子和大豆球蛋白极易引起仔猪腹泻和发育不良。而豆粕发酵后，蛋白质发生降解，肽类物质和氨基酸含量增加，抗营养因子被部分或全部消除，动物对豆粕的消化利用率大大增加。发酵豆粕基本不含抗营养因子，但富含酶、小肽和多种益生素，应用在动物养殖中效果很好。发酵豆粕在猪上主要应用于改善仔猪腹泻，促进采食量和提高日增重。

    目前中国市面上对于发酵豆粕的品质评定，更多还是关注于蛋白含量的变化，对蛋白品质高低的评价较少，比如说小肽含量、各种氨基酸含量的变化；对于发酵前后抗营养因子等指标的具体变化也没有标识，上述提到的这些问题，都需要研究者进行更加深入的研究，让豆粕产品更加的走向精细化，这也是将来以发酵豆粕为代表的发酵蛋白饲料的一个特色发展方向。